Prvá Slovenská republika a Slovenské národné povstanie

V roku 1940 sa stáva sídlom novej Pohronskej župy. Postavila sa nová ľudová škola (rok 1939), budova Spojených elektrární (rok 1941) a stavala sa nová železničná stanica.Od roku 1941 vznikali protifašistické odbojové skupiny medzi dôstojníkmi Veliteľstva pozemných vojsk slovenskej armády, sídliaceho v meste. Pod politickým vedením Slovenskej národnej rady sa tu v roku 1944 vytvorilo Vojenské ústredie, vojenský orgán pre prípravu Slovenského národného povstania, ktorý riadil konšpiračnú činnosť v armáde. Po vstupe nemeckých okupačných vojsk uskutočnil dňa 29. augusta 1944 protifašistický prevrat a veliteľ Vojenského ústredia pplk. Ján Golian vydal armáde rozkaz postaviť sa okupačným vojskám na odpor. Prevrat dovŕšili partizáni 1. Stalinovej brigády, brigády Jánošík a kpt. Nálepku, ktorí dňa 30. augusta 1944 vstúpili do mesta. V ten deň začal z Banskej Bystrice vysielať Slobodný slovenský vysielač. Po vypuknutí SNP sa Banská Bystrica stala politickým, vojenským a administratívnym centrom povstaleckého Slovenska. Sídlili tu vedúce sily povstania – Slovenská národná rada, Veliteľstvo 1. čs. armády na Slovensku, prišla sem delegácia čs. emigrantskej vlády v Londýne a predstavitelia moskovského vedenia KSČ. Sídlila tu anglo-americká a sovietska vojenská misia. Z mesta sa riadil ozbrojený boj i uskutočňovanie základných ekonomických a spoločenských premien. V septembri 1944 začal vychádzať ústredný orgán ÚV KSS Pravda, týždenník Nové slovo, nástenné noviny Hlas ľudu a iné. 17. septembra 1944 sa uskutočnil zjednocovací zjazd KSS a sociálnej demokracie.Už v septembri 1944 zažila Banská Bystrica nemecké bombardovanie, keď bomby zasiahli Slobodný slovenský vysielač. Koncom októbra sa vojenská situácia rýchlo zhoršovala, povstalci mesto takmer bez boja opustili a Nemci ho 27. októbra 1944 obsadili. Zatkli a väznili vyše 2 tisíc ľudí. 30. októbra gen. Hermann Höffle za spoluúčasti predstaviteľov slovenskej vlády na čele s prezidentom Jozefom Tisom usporiadal v Banskej Bystrici vojenskú slávnosť. Jozef Tiso slúžil omšu, vyznamenal príslušníkov Waffen-SS a verejne poďakoval Hitlerovi. Okupácia mesta trvala 5 mesiacov, oslobodené bolo vojskami sovietskej a rumunskej armády 25. marca 1945.